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众所周知，单克隆抗体和多克隆抗体可以用于包括蛋白质印迹，酶联免疫吸附测定（ELISA），免疫沉淀（IP），免疫荧光，免疫细胞化学，生物芯片技术和疾病诊断在内的多种应用。它们各有各自的优点使其在不同应用中扮演着不一样的角色。为了更好地确定在特定应用中那种抗体最优，首先让我们先来了解下两者。
1、如何区分单克隆抗体和多克隆抗体
存在于抗原表面的，决定抗原特异性的特殊化学基团称为抗原决定簇，又称抗原表位。一个抗原可以有一种或多种不同的抗原表位，每种表位只有一种抗原特异性。
用一种包含多种抗原决定簇的抗原免疫动物，可刺激机体多个 B 细胞克隆产生针对多种抗原表位的抗体，就是多克隆抗体（polyclonal antibody, pAb）。由单一 B 细胞克隆产生的识别一种抗原表位的抗体，称为单克隆抗体（monoclonal antibodies, mAb）。
2、单克隆抗体和多克隆抗体的关键区别
| 属性 | 单克隆抗体 | 多克隆抗体 |
| 抗体群体 | 同质性 | 异质性 |
| 结合特异性 | 识别目标抗原上的单一表位 | 识别目标抗原上的多个表位 |
| 灵敏度 | 蛋白质定量方面灵敏度高 | 对低数量的蛋白质有较高的灵敏度 |
| 交叉反应 | 特异性高，交叉反应低 | 存在生物物理多样性，交叉反应高 |
| 生产成本 | 昂贵 | 低廉 |
| 来源 | 受刺激的B细胞的单系：杂交瘤 | 受刺激的B细胞的多个系别 |
单克隆抗体和多克隆抗体的优缺点
单克隆抗体的优点
1、不朽的供应
一旦创建了单克隆抗体杂交瘤，就可以产生无限量的高度特异性抗体。
2、高度特异
mAb在测定中用作一级抗体或用于检测组织中的抗原是非常理想的选择。
3、重现性高
单克隆抗体产生较低背景染色和批次变化，并且具有低交叉反应性。因此，它们提供可重复的结果并确保亲和纯化的效率。
单克隆抗体的缺点
1、特异性过高，以致于无法进行跨物种的检测。
2、与多克隆抗体相比，更易受化学处理造成的抗原表位丢失的影响。
多克隆抗体的优点
1、高亲和力
由于抗体的结合点多于一个表位，多克隆抗体可以帮助扩增具有低表达水平的靶蛋白的信号。这使得这些抗体成为免疫沉淀和染色质免疫沉淀的理想选择。
2、容忍轻微的变化
多克隆相对单克隆抗体来说，对于抗原变化（轻度变性，多态性，糖基化的异质性）较不敏感。
3、更强的检测信号
多个表位通常提供更强大的信号，更加容易检测。
多克隆抗体的缺点：
1、易产生批次间差异。
2、产生大量非特异性抗体，可能会在某些应用中产生背景信号。
3、由于具有多个表位，检测免疫原序列的交叉反应性非常重要。
4、不适用于探测抗原的特定结构域，因为抗血清通常会识别多个结构域。