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凝胶纯化可以根据大小分离和纯化DNA片段。该程序从标准琼脂糖凝胶电泳开始，根据碱基对的长度分离DNA。在电泳后，可以从琼脂糖凝胶中切下DNA条带，然后纯化DNA样品。这是一种常用的分子克隆技术，例如基于克隆的聚合酶链反应或限制性酶。
1.根据琼脂糖凝胶电泳的Protocol做如下修改：
注：凝胶纯化可以使用尽可能低浓度的琼脂糖凝胶（在可分辨的范围），所以如果可能的话保持在0.7%-0.8%的范围内。
注：需要得到分辨更好的条带。这可以通过使用更宽的凝胶梳和在较低电压下运行凝胶来实现。
注：如果想要预留更多的位置来切取条带和减少DNA污染，可以在样品-样品之间预留空泳道。
注：为了减少DNA损伤的风险，最好限制DNA在紫外线下暴露的时间。
2.一旦凝胶电泳结束，需要把凝胶移动到一个紫外线箱中(确保适当的紫外线保护--尤其是对你的眼睛！)，由于塑料会阻挡大部分紫外线，所以需要从凝胶托盘上取下凝胶，之后用干净的无菌刀片，从凝胶中切取所需的DNA片段。
注：为了保护紫外线箱，如果可以的话，把凝胶放在玻璃板上是个好主意。与塑料托盘相比，玻璃板将不会显著减少紫外线，但将保护紫外线盒不被刀片切割。
注：试着将条带周围多余的凝胶去除。在DNA纯化过程中，这一点尤为重要，因为许多试剂盒不能在一个体系中处理超过固定体积的凝胶。
3.将凝胶放入标记的EP管中。
4.用秤称量。用空管对体系进行校零，之后对凝胶进行称重。或者，可以用凝胶管的重量减去空管的重量。凝胶的重量与其液体体积成正比，用于确定在DNA分离过程中每个缓冲液的添加量。
5.最后，需要从凝胶中分离出DNA。这是可以使用商用的凝胶纯化试剂盒。遵循相关说明书完成实验即可。
注：在使用凝胶纯化的DNA进行下一步实验之前，确定分离出的DNA的浓度通常是很重要的。
怎样才能更好地提高条带的分辨率？
提高DNA条带分辨率的几种简单方法包括：
(A)在较低电压下运行较长时间的电泳；
(B)使用更宽的凝胶梳；
(C)在上样孔中加入较少的DNA。
怎样才能更好地分离条带？
如果大小相近的条带，可以通过调整凝胶百分比，使之更好的分离。较高比例的琼脂糖凝胶将有助于分离较小的条带，而较低百分比的凝胶将有助于分离较大的条带。
10%规则：
对于样品，要比所需的体积多10%，因为可能会在上样过程中丢失几个微升。例如，如果要在10μL中加1.0μg的DNA，则在11μL中加入1.1μg。