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胃蛋白酶是胃液中的主要消化酶，由氨基酸在胃腺的主细胞中合成，消化食物时，胃蛋白酶排出至胃腔内参与消化作用，消化活动停止时，又重新得到合成，以补充消耗，使胃蛋白酶始终能有充分的储备粮。
不过，从主细胞最初排出的并不就是为胃蛋白酶，而是它的前体——胃蛋白酶原。如果胃蛋白酶是小刀，胃蛋白酶原就好像是套上了“刀鞘”的小刀，没有消化功能，但一旦遇到“老搭档”——胃酸和少许胃蛋白酶，便有如小刀出鞘，立刻变成有消化作用的胃蛋白酶，成为消化食物的“生力军”，“杀气腾腾”地消化起食物中各种蛋白质，水解蛋白质分子中所有肽键连接点，蛋白质就成了结构简单的成分，这些比较简单的成分，很容易在小肠中被彻底消化。
胃蛋白酶和胃酸是典型的“铁哥们”，它们同是胃黏膜腺的产物，虽然细微部位有所不同;蛋白酶原要靠胃酸来激活;胃酸处理过的蛋白质，胃蛋白酶消化起来最省力;胃酸给胃蛋白酶提供了最合适的工作环境;胃蛋白酶的含量是胃酸高低的“反射镜”，两者“难分难舍”，一个缺乏，另一个往往不足，反之亦然。
如果说以往关于胃蛋白酶的研究侧重于临床应用，近年来胃蛋白酶原的研究则深入到在某些消化病与发病机制与诊断方面，重点是溃疡病与胃癌。
研究发现，胃蛋白酶原分胃蛋白酶原I与胃蛋白酶原II。50%以上的十二指肠溃疡患者血清胃蛋白原I含量升高，而对于血清胃蛋白酶原I升高的血缘关系亲属来说，即便目前他们尚未发病，其可能出现十二指肠溃疡的风险相应增大。
试验研究证实，单纯生理浓度的胃酸，对上消化道粘膜并不造成损害，或者损害轻微，同时添加胃蛋白酶后，不但损害范围广泛，而且程度严重。
从化学结构上看，胃粘液糖蛋白、脂蛋白、结缔组织成分如胶原、弹力蛋白等于胃黏膜结构有关的蛋白质，都能被胃蛋白酶所消化。这些结果说明了胃蛋白酶在溃疡病发病中的重要作用。
研究发现，胃蛋白酶原I降低与胃蛋白酶原I/胃蛋白酶原II比值降低，是胃底粘膜萎缩的特征。进一步追踪研究发现，上述两种指标的改变，尤其是胃蛋白酶原I/胃蛋白酶原II值小于3，能更好地预测将来胃癌的发生。一项研究证实，胃蛋白酶原I水平降低与胃癌发生的时间有密切关系，胃蛋白酶原I低于25ng/ml者，未来8-14年内可能发生胃癌的风险为胃蛋白酶原I水平正常的人的2.7倍，而2年内这种风险高达6.3倍。
已经确认幽门螺旋杆菌与胃癌关系密切。一项前瞻性系列研究结果显示：与幽门螺旋杆菌阴性、胃蛋白酶原水平正常者(风险指数1.0)相比，幽门螺旋杆菌阳性，胃蛋白酶原正常者，患胃癌风险为1.1;幽门螺旋杆菌阴阳性，胃蛋白酶原降低者风险为6.0;幽门螺旋杆菌阴性、胃蛋白酶原降低且有重度不典型增生者，风险高达8.2!说明幽门螺杆菌结合胃蛋白酶原水平检测，对于判断胃癌发展的风险有重要价值。
以幽门螺杆菌抗体阴性，胃蛋白酶原I水平正常患胃癌风险指数为1.0，即便幽门螺杆菌抗体阴性，只有胃蛋白酶原I低水平，风险指数上升至5.4;抗体阳性，胃蛋白酶原I又是降低水平，风险指数上升到9.21。不论肠型或弥漫型胃癌，结果与此类似。
胃蛋白酶原检测两个指标结合起来，对于胃癌的普查很有效。（来源：中康体检）