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三氯异氰尿酸和氯溴异氰尿酸的区别不大，两者的理化性质几乎一样。
都是通过释放卤素，形成氧化性的弱酸氧化蛋白酶，阻止DNA合成。同时利用中间体渗透入植物内杀灭病菌。
三氯异氰尿酸 分解为 次氯酸后中间体有三嗪三酮、均三嗪、均三酮;氯溴异氰尿酸 分解为 次氯酸、次溴酸后中间体有三嗪二酮、三嗪、从杀灭同等单位的细菌所用的量来看 实验数据表明，三氯异氰尿酸的杀菌能力稍强于氯溴异氰尿酸。这也是为什么PD登记证目前有36%、42%的三氯异氰尿酸50%的氯溴异氰尿酸的原因。
因为三氯异氰尿酸和氯溴异氰尿酸本身就是极其优良的杀菌剂，以前主要是用于医疗卫生消毒而已。由于其杀菌光谱，对细菌、病毒和真菌没有选择性，一律通杀。所以这类产品治疗作物病害速度快。稀释超过800倍一般对水稻等作物都安全 大棚作物一般1000-1500倍以上也是安全的果树和花期2500-3000倍安全。稀释这么高，会有效吗？ 我打个比方 84消毒液只有5-6%的有效含量，它杀菌需要稀释250倍用于餐具和宾馆床单消毒 。10分钟全部杀死病菌三氯和氯溴基本上是84消毒液的20倍杀毒能力可以稀释倍数应该是250*20最高稀释达到5000倍仍然有很好的杀菌效果（这也是为什么2003年“非典SARS”疫情期间，三氯异氰尿酸突然被国家卫生部 指定为公共场所防控药品的原因）。
三氯异氰尿酸和氯溴异氰尿酸理化性质都比较稳定,所以单就本身来说储存和农业使用都是安全的、对人体无害。药液无残留 适合无公害农业使用。但是由于两者都是氧化性杀菌剂与杀菌剂混合没有问题。可是与有机磷杀虫剂和磷酸二氢钠等直接混合会发生反应，所以不建议混合一般二次稀释后去配杀虫剂、微肥就很安全（因为杀虫剂可能有隐性的有机磷）。
三氯异氰尿酸和氯溴异氰尿酸都是无公害的杀菌剂氯、溴等杀菌成分电离后本体分解为氨、二氧化碳、水。因此从这个过程可以看出，它不会有残留也都不会致癌的，如果氯可以致癌，那么我们每天吃的 食盐（氯化钠）也就不安全了。所以说不必担心况且三氯和氯溴在欧美国家的饮用水中都被应用于杀灭自来水的微生物、细菌和病毒，因此可以放心使用倒是 。国内应用还算普遍的多菌灵是致癌的药物，欧美国家是禁止使用的。
理论上三氯异氰尿酸在细菌病害和真菌病害上好于氯溴异氰尿酸，且见效快。氯溴异氰尿酸在细菌和病毒并效果方面效果不错， 但见效慢于三氯异氰尿酸，因为分解释放过程不一样实际使用可以发现，两者真的没有什么区别，差不多。都对于细菌行病害效果显著，叶茎根腐烂类的病害也很好。适合枯萎病、黄萎病、细菌性条斑病、白叶枯病、稻瘟病、蔓枯病、立枯病、叶类斑点病害，根类腐烂病害、炭疽病、溃疡病、疮痂病、轮纹病、病毒病等多类病害有很好的效果。是个药就有缺点，不然就是神药。显然三氯异氰尿酸和氯溴异氰尿酸并非神药！有些病害则适合复配，三氯异氰尿酸或氯溴异氰尿酸可以使很快就使作物病害停止。另外一种成分则开始治疗。所以有些病害单打不适合三氯异氰尿酸和氯溴异氰尿酸，如灰霉、白粉等。关于抗性，消毒水有抗性吗？没有！那么三氯和氯溴也不存在抗性。所以怕产生抗性或者一些有抗性的杀菌剂混上三氯和氯溴效果很好的原因就在于此。
目前三氯异氰尿酸首选神隆海洋生物工程有限公司(专利)农药PD证仅有 36%、40%、42%含量。氯溴异氰尿酸首选河南银田化工(首家登记)PD证为50% 含量。其余的氯溴异氰尿酸PD正式登记厂家只有：神隆海洋 、南京南农、江苏正本、江苏东宝、绍兴天诺，另外陕西韦尔奇（临时证）陕西上格由于出了点小事故已经没有打算继续推广氯溴异氰尿酸了，PD证注销了。至于日后会不会恢复，也不明真相。目前其它厂家套证、造假，不便直说了。三氯异氰尿酸由于存在专利，所以目前仅有神隆海洋一家生产。市面上无证产品、套证和假冒产品也比较多，需要各位农资人火眼金睛鉴别。