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3-氯吡嗪-2-甲胺二盐酸盐可用作医药化工合成中间体。如果吸入3-氯吡嗪-2-甲胺二盐酸盐，请将患者移到新鲜空气处；如果皮肤接触，应脱去污染的衣着，用肥皂水和清水彻底冲洗皮肤，如有不适感，就医；如果眼晴接触，应分开眼睑，用流动清水或生理盐水冲洗，并立即就医；如果食入，立即漱口，禁止催吐，应立即就医。
3-氯吡嗪-2-甲胺二盐酸盐可用作医药化工合成中间体。如合成如下化合物：
具体步骤为：将3-氯吡嗪-2-甲胺二盐酸盐（1.0g，4.62mmol）、N-乙基-7-（3-二甲基氨基丙基）碳二亚胺（EDC）（1.3g，6.47mmol，1.4当量）、4-二甲氨基吡啶（DMAP）（0.141g，1.15mmol，0.25当量），和将二异丙基乙胺（DIPEA）（2.42mL，1.79g，13.9mmol，3.0当量）溶解在无水CH2Cl 2（25mL）中。在N2下向该溶液中加入3-亚甲基环丁烷羧酸（0.622g，5.54mmol，1.2当量）的无水CH2Cl 2（25mL）溶液，并将反应物在室温下搅拌过夜。将反应混合物真空浓缩，将得到的残余物溶于EtOAc，用水（2×），NaHCO3（1x），水（1x）和盐水（1x）洗涤，用Na2SO4干燥，过滤，真空浓缩，得到粗品标题化合物，为棕色油状物。通过硅胶色谱法纯化粗物质。
此外，还可用于制备如下化合物：
具体步骤为：将4-（甲氧基羰基）环己烷羧酸（15.14g，81.30mmol）和CDI（13.18g，81.3mmol）的THF（370mL）溶液置于氮气氛下并在60℃下搅拌4小时。 将反应混合物冷却至室温，然后加入3-氯吡嗪-2-甲胺二盐酸盐（16.0g，73.91mmol）和DIPEA（31.52g，244.00mmol，42.5mL）。在60℃下搅拌20小时后，将反应物真空浓缩。 通过硅胶玻璃柱色谱法（用3：2DCM / EtOAc洗脱）纯化粗制反应混合物，得到纯的所需产物，为浅黄色乳白色粉末。
[1] WO2009008992 COMBINATION ANTI-CANCER THERAPY COMPRISING AN INHIBITOR OF BOTH MTORC1 AND MT0RC2