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羧荧光素是制备水解稳定荧光共轭物的有用试剂，也是合成其它荧光素衍生试剂的有用起始材料。它是通过苯三羧酸酐与间苯二酚和氯化锌反应制备的5-和6-异构体的混合物。尽管这些同分异构体具有几乎相同的性质，但当与其他分子结合时，在共轭极性、内部荧光猝灭以及相关罗丹明标记试剂的情况下，已观察到标记特异性的差异。此外，荧光素衍生物的多步合成制备需要具有异构体纯度的起始原料，以便反应产物易于纯化和鉴定。虽然同分异构体纯羧荧光素在市场上可以买到毫克量，但我们知道没有公开的方法分离这些异构体是简单的，不需要广泛的色谱。
5-羧基荧光素是一个用作 pH 指示剂的高度可溶性染料。这种染料显示出强烈的荧光和浓度依赖性。这种化合物可通过羧基和伯胺之间的相互作用标记蛋白质、核苷酸和多肽。它主要显影氩激光器 488 nm 处被激发的一系列绿色荧光肽，同时也可用于制备各种小荧光分子。5-羧基荧光素是一种可用作酸碱指示剂的荧光染料，5-羧基荧光素具有极强的浓度依赖性并且可以显示较强的荧光，可通过羧基和氨基的反应标记蛋白质，核甘酸和多肽。
