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苯扎氯铵具有特殊气味的易潮解的白色至黄色粉末。加热时，分解。 生成含有氨，氯和氮氧化物的有毒、腐蚀性烟雾。
苯扎氯铵易溶于乙醇和丙酮。虽然在水中溶解速度慢，但水溶液更容易处理所以仍是首选。水溶液应是中性至微碱性，颜色从无色到浅黄色。水溶液摇晃时会产生泡沫，在浓溶液中有苦味和淡淡的杏仁味。
苯扎氯铵的杀生物活性与C12十二烷基和C14烷基肉豆蔻衍生物有关。杀菌作用的机制被认为是破坏分子间的交互作用。这可能会导致细胞膜脂质双层的瓦解，影响细胞质渗透性的控制并导致细胞质的泄漏。其他存在于细菌细胞中的生物分子也同样会被分解。用于精细调控多种呼吸与代谢作用的酵素很容易受到影响。这种高度特异的生化系统中的关键分子间相互作用和三级结构可借由阳离子表面活性剂很轻易地破坏。
苯扎氯铵溶液是有效时间适当的速效杀菌剂。它可有效地对抗细菌和一些病毒以及原生动物。而细菌的孢子被认为是具有抗性的。水溶液根据它们的浓度可以是抑菌或是杀菌。革兰氏阳性细菌通常比革兰氏阴性细菌更容易受到影响。pH值对于苯扎氯铵活性没有很大的影响，但增加基本上可在更高的温度延长曝露时间。
在1998年利用FDA协议的研究中，使用苯扎氯铵作为有效成分的消毒剂符合FDA的标准，同时一个知名的基于醇的卫生洗涤剂Purell没有符合。这项研究被美国知名基于季铵化合物的外用抗菌药物开发商、制造商以及营销商报导，表示他们自己以苯扎氯铵为基础的消毒剂比基于酒精的洗手液更好。
非酒精洗手液中的苯扎氯铵的品质和效果的进步已经解决了美国疾病控制与预防中心对于主要产品无法有效对付革兰氏阴性菌尤其是对新德里金属-β-内酰胺酶1或其他抗生素有抗药性的细菌的问题。
较新的制剂混合苯扎氯铵以及各种季铵衍生物可以扩展杀生物的范围，增强了基于苯扎氯铵消毒产品的功效。制剂技术已被用来大大地提高季铵盐消毒剂如Virucide 100对于典型的医疗感染风险如肝炎和HIV的杀菌活性。使用适当的辅料也可以大大提高杀菌频谱、性能以及防止在某些情况下的失活。配方也可以减少苯扎氯铵在有机化合物或无机化合物的影响下失活的情况。