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盐酸黄连素在常温下的溶解度为0.175g/100g水,属于难溶物质。难溶药物的两个影响因素：亲脂性和分子内聚力。
由黄连素分子结构基本可以推测其溶解度大小主要决定于分子内聚力,其难溶于水不是由于疏水性或亲脂性造成的, 所以温度对盐酸黄连素的助溶效果很明显,80度时在水中的溶解度时是常温时在水中溶解度的21倍左右。
药剂学上对难溶药物的增溶方法有加增溶剂、加助溶剂（也叫潜溶剂）、制成固体分散体系、主药分子结构上引入亲水基团、制成包合物和成盐等手段。
增溶剂一般是采用加入表面活性剂、脂质体等制成微乳技术,其目的主要解决疏水性难溶药物的溶解度,黄连素的难溶于水不是由于疏水集团造成的,所以采用加增溶剂技术不太合适。
固体分散系是采用聚乙二醇或聚乙烯吡咯烷酮等材料来扰乱药物的分子晶型,提高其溶解度,但是实验研究发现聚乙二醇4000用于黄连素增溶效果不明显。
制成包合物的方法一般采用环糊精及其衍生物,具有内疏水、外亲水的特性。在实验中,盐酸黄连素可以包嵌于β-环糊精的空腔内,提高了分散性,β-环糊精可以使盐酸黄连素的溶解度提高到1.80倍左右,羟丙基环糊精由于溶解度大于β-环糊精,可以提高到2.15倍。但是，有实验发现羟丙基环糊精没有β-环糊精的结合常数大,与其他文献报道不同,这可能是由于其空间结构复杂,占位多,不利于黄连素进入其空腔内。