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黄连素，属于季铵型异喹啉类生物碱。主要存在于小檗科、罂粟科、毛莨科、芸香科和防己科等植物中。黄连素是黄色针状晶体状，盐酸黄连素是其常用形式。
黄连素是黄连抗菌的主要有效成分。黄连素对溶血性链球菌，金黄色葡萄球菌，淋球菌和弗氏、志贺氏痢疾杆菌等均有抗菌作用，并有增强白血球吞噬作用，对结核杆菌、鼠疫菌也有不同程度的抑制作用。小檗碱的盐酸盐（俗称盐酸黄连素）已广泛用于治疗胃肠炎、细菌性痢疾等，对肺结核、猩红热、急性扁桃腺炎和呼吸道感染也有一定疗效。
盐酸黄连素抗菌谱广，体外对多种革兰阳性及阴性菌均具抑菌作用，其中对溶血性链球菌、金葡菌、霍乱弧菌、脑膜炎球菌、志贺痢疾杆菌、伤寒杆菌、白喉杆菌等有较强的抑制作用，低浓度时抑菌，高浓度时杀菌。消除念珠菌的菌类感染，应用於妇科炎症。对流感病毒、阿米巴原虫、钩端螺旋体、某些皮肤真菌也有一定抑制作用。对螺旋杆菌也有作用，而能使胃炎、胃及十二指肠溃疡减轻。对眼结膜炎、化脓性中耳炎等有效。
一种提取盐酸黄连素的方法，所述方法包括：
1).切丝将黄柏挑选并除去石、砂、杂物，烘干或晒干后，用切丝机切成细小碎段而成生药丝；
2).浸泡将生药丝倒入浸泡池内，加入浓度为0.1-1％的硫酸水溶液浸泡24-36小时，硫酸水溶液的加入量为生药丝重量的3-5倍；生药浸泡四次，第二、三次仍用硫酸水溶液，加入量为生药丝重量的2-3倍，浸泡24小时；最后一次用清水或更稀的硫酸水溶液，浸泡时经常搅拌；
3).过滤将第一、二、三次的浸泡液用铺有滤布的过滤筛过滤，所得滤液即为黄连素硫酸盐；
4).中和将滤液移入中和池内，缓慢加入石灰乳，调节滤液的pH值为7-9范围内，静置过夜，上清液用铺有滤布的过滤筛过滤，滤液送入盐析池内，底层浑浊液则过滤2-3次，将除去杂质的清液也送入盐析池内；
5).盐析向盐析池内加入浓盐酸，至滤液的pH值2-3，再按每百公斤滤液5-10公斤的比例加入食盐，放置12-48小时，至黄色结晶在食盐溶液中完全析出为止；
6).过滤用过滤筛将晶浆液过滤，分离出结晶体即为盐酸黄连素的粗品；
7).精制将盐酸黄连素粗品放入溶解池内，按湿品量10-15倍、干品量20-30倍加入沸水，使其溶解，再加入石灰乳，调节溶液的pH值8-9，除去浮在液面上的杂质，趁热过滤，滤渣用少量沸水冲洗后弃去，冲洗液与滤液合并，置于结晶池内，加入盐酸调节pH值1-2，12-24小时后，析出纯净的鲜黄色结晶体；
8).干燥用过滤筛过滤，分离出精制的结晶体，用少量蒸馏水冲洗结晶体的盐酸残液，至冲洗液的pH值4-6为止，滤干，结晶体送入烘房中，在70-80℃的温度下烘干，或置于阴凉处风干，即得到盐酸黄连素精品。