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多潘立酮作用于外周多巴胺受体，可促进胃肠蠕动，改善胃窦及十二指肠的协调作用，提高下食管括约肌的张力，可改善胃轻瘫。红霉素也能增强胃动力，刺激胃肠蠕动，对正常人无影响，用量小而安全。两者联合应用起协同作用，可用于糖尿病胃轻瘫患者的治疗。
多潘立酮和唑类抗真菌药都主要通过肝酶CYP4503A4代谢，两者合用可使血药浓度升高，可能导致或加重肝功能损害。
多潘立酮可加快胃排空，使具有抗幽门螺杆菌作用的抗生素如克拉霉素和甲硝唑等药物在胃内的停留时间缩短，从而降低它们抗幽门螺杆菌的作用，故不宜联合使用。
此外，多潘立酮与碳酸锂或地西泮联合应用，可引起锥体外系症状，故不宜联合应用。
氢氧化铝、铝碳酸镁等抗酸药要求在胃内停留时间长，以便于充分与胃黏膜接触，从而起到保护胃黏膜的作用。临床上常与抗胆碱药联合使用以延长胃排空时间，而多潘立酮的作用是促进胃排空，因此不宜与抗酸药联合使用。
胃蛋白酶、干酵母等助消化药主要有消化蛋白质的作用，但它们在酸性条件下作用最强，而多潘立酮可增强胃肠蠕动，使助消化药迅速到达肠腔，疗效降低，故两者不宜联合使用。
甲氧氯普胺与多潘立酮同属多巴胺受体拮抗剂，均能增强胃肠蠕动，促进胃的排空。据文献报道，多潘立酮的止吐作用是甲氧氯普胺的23倍，两者联合使用属于重复用药，可增加不良反应的发生率。
西咪替丁、雷尼替丁等H2受体阻滞剂主要作用是抑制胃酸的分泌，从而促进溃疡面的修复。多潘立酮促进胃肠蠕动，使H2受体阻滞剂在胃内停留时间缩短，抗胃酸分泌的作用减弱，从而影响疗效。另外，H2受体拮抗剂具有轻度抗雄激素作用，可引起高促乳素血症、男性乳房发育和乳房胀痛及女性溢乳等，多潘立酮也有刺激催乳素分泌的作用，两者合用不仅影响疗效，还可加重不良反应发生，故不宜联合使用。
阿托品、颠茄、山莨菪碱等M受体阻滞药主要作用是抑制胃肠蠕动、延迟胃排空时间。而多潘立酮作用与其恰恰相反，主要是增加胃肠蠕动，加快胃排空。两种药物不宜联合使用。