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棉子糖是主要存在于棉子和甜菜中一种非还原性三糖，在所有三糖中与人类的关系较大，因为棉子饼可被用作饲料或油料，甜菜主要用于制造蔗糖，都是常见的农作物。α-半乳糖激酶(α-GAL)可以将棉子糖水解为蔗糖与半乳糖，这在工业生产中可被用来提高甜菜的产蔗糖量。人体消化道没有这种酶，因而无法水解利用棉子糖。棉子糖进入人体结肠后，被产气菌酵解利用，产生肠气。这也是吃豆类（富含棉子糖）会有肠气的原因。
棉子糖为白色或淡黄色晶状粉末。一般结晶体带有5分子的结晶水，缓慢加热100℃会丧失结晶水。水溶液的比旋光度[α]D为+105°。带结晶水的产品熔点为80℃。
棉子糖易溶于水，微溶于乙醇等极性溶剂，不溶于石油醚等非极性溶剂。20℃时水中溶解度为14%，且随温度升高溶解度显著增大，80℃时，高于蔗糖的溶解度。
棉子糖可由棉籽饼磨粉水解或甜菜糖蜜制得。
棉子糖作为一种低聚糖，可服用以调节肠道菌群。