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炎症性肠病包括克罗恩病和溃疡性结肠炎，是由于免疫系统过度活跃造成消化道炎症所致，可抑制免疫系统的药物被用于帮助控制疾病。硫唑嘌呤是一种常用的治疗炎症性肠病的免疫抑制剂。
如果您的医生建议开始使用硫唑嘌呤，可能意味着您的疾病需要通过硫唑嘌呤来维持缓解、您对激素依赖无法停药、或激素治疗无效、或者在类克治疗过程中联合用药提高疗效。目的是使您的炎症性肠病得到缓解。
1.对硫唑嘌呤过敏；
2.严重的感染，包括活动性病毒性肝炎；
3.结核；
4.肝功能严重受损或严重的骨髓造血功能障碍，严重的肾脏疾病；
5.未经治疗的恶性病；
6.既往有胰腺炎病史，或当前患有胰腺炎；
7.在过去四周内曾接种活疫苗（如卡介苗、黄热病疫苗、水痘疫苗等）；
8.怀孕和哺乳期，请具体咨询您的医生。
1.骨髓抑制（白细胞减少，粒细胞缺乏，血小板减少，全血细胞减少）。
最常见的副作用是降低白细胞。可能只需要稍微调整一下您的用药剂量就能解决这个问题。由于这些药物会使您的白细胞降低，我们需要密切地监测您的白细胞量的变化。这些药物也会使您的红细胞和血小板计数降低。所以一旦开始治疗，血常规检查需要在开始用药后的1周或者每次药物剂量调整后进行检测。您的白细胞可能低到有感染的风险，甚至危及生命。
发生重度白细胞减少症（<1000/mm3）或粒细胞缺乏症（<500/mm3）时可能表现为：身体感到不舒服；通常会发高烧或寒颤；扁桃体发炎；口炎；淋巴结肿大；头痛；恶心；咳嗽；外阴炎和肛门炎症。
2.恶心，呕吐，上腹痛。有时候，在服药时您可能会有些恶心或胃口不好。可能需要一段时间的适应期，很快就能好转。如果出现了恶心，那么在晚上临睡前吃药可能会有帮助。
3.因硫唑嘌呤抑制机体防御反应，加之基础病（如本身有潜伏结核）等因素的影响，造成机体对多种病原体的抵抗能力下降。很易造成各种感染，患者感染的现象会明显增多，特别是结核，肝炎等细菌病毒感染。
4.胰腺炎，是最严重的副作用，但也是很少发生的副作用。大约5%的患者会发生。通常会在开始用药后不久就发生。胰腺炎的症状是恶心、呕吐、上腹和/或后背痛。也有可能没有症状，仅血液监测时发现脂肪酶/淀粉酶升高。一旦您出现了这些情况，请尽快告诉医生。通常停药之后胰腺炎就会好转，但一旦您发生胰腺炎，可能意味着您不能够再次使用硫唑嘌呤。
5.肝脏损伤：肝中毒；胆汁淤积性黄疸；结节再生性增生；紫癜。硫唑嘌呤通过肝脏分解代谢，因此监测肝功能的血液检查也非常重要，可以与其他血液检查同时进行。有时候您的肝脏不负重担，您可能在进行血液检查前都不会发现。很少见的情况下，您的皮肤或眼白可能会发黄（黄疸）。这种情况通常通过调整药物剂量能够改善。但是需要密切监测肝功能直到恢复正常。
6.少见副作用有超敏反应（主要表现有高热和全身不适）、斑丘疹、血管炎、关节痛、肌痛等。
7.肿瘤风险。硫唑嘌呤在抗排异和化疗时大剂量的使用被发现是可以导致肿瘤的，但由于在IBD中使用的剂量非常小，肿瘤的风险也非常低。
8.其它不可预知的副作用