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甲硝唑为人工合成的硝基咪唑类药物，有抗阿米巴、抗滴虫、抗贾第虫、抗小袋虫、抗厌氧菌等作用，临床上主要用于治疗或预防厌氧菌引起的系统或局部感染，如口腔、腹腔、消化道、女性生殖系统、呼吸道、皮肤及软组织、骨和关节等部位的厌氧菌感染，甲硝唑属于广谱抗厌氧菌药物，抗菌谱包括脆弱类杆菌和其他类杆菌属、梭形杆菌、产气芽胞杆菌、真杆菌、韦容球菌、消化球菌属和消化链球菌属等厌氧菌。
1、口腔感染：口腔感染常合并有厌氧菌感染，甲硝唑具有抗厌氧菌作用，可用于急性冠周炎、牙周炎、牙龈炎、牙髓炎、牙周脓肿等，可口服甲硝唑或使用含甲硝唑的溶液漱口。
3、女性生殖系统：主要用于滴虫性阴道炎、厌氧菌感染阴道炎，盆腔炎等。其中滴虫阴道炎是由阴道毛滴虫感染引起的下生殖道炎症，主要经性接触直接传播。诊断为滴虫阴道炎者的首选硝基咪唑类药物如甲硝唑，推荐方案：全身用药，甲硝唑2g，单次口服；或替硝唑2g，单次口服。替代方案：全身用药，甲硝唑400mg，口服，每日2次，共7d。滴虫阴道炎治疗一般不推荐局部用药，对于不耐受口服者才考虑选择局部用药。
2、消化系统：与其他药物联用用于根治幽门螺杆菌。近年的流行病调查表明，幽门螺杆菌对甲硝唑耐药率达到60-70%，因此，有条件的医疗机构可做药敏试验，以优化根治方案。对于感染以及使用抗生素引起的结肠炎也有效。
4、皮肤及软组织：痤疮丙酸杆菌为革兰氏阴性厌氧菌，甲硝唑痤疮丙酸杆菌对有一定的抗菌作用，可口服也可外用，近年随着抗菌药物的滥用，痤疮丙酸杆菌对甲硝唑的耐药率逐年升高，因此甲硝唑一般需联合应用其他抗菌药物如克林霉素或红霉素。
5、呼吸道感染：呼吸道感染如急性扁桃炎，慢性支气管炎急性发作，鼻窦炎，急性咽喉炎，因常合并厌氧菌感染，使呼吸道症状加重，联用甲硝唑抗感染疗效较好。
6、腹部感染：腹部感染常合并厌氧菌感染，甲硝唑为广谱抗厌氧菌感染的药物，可用于胆囊炎、急性阑尾炎、急性胰腺炎等感染的治疗。
7、急性乳腺炎：在未知感染菌种和药敏结果之前，可采用抗需氧菌和厌氧菌药物进行治疗，甲硝唑是可选择药物之一。
8、外伤：用甲硝唑氯化钠注射液冲洗外伤（如颌面外伤）伤口，可预防外伤或清创术后的残余感染和继发性感染，缩短疗程。
9、肛周脓肿：肛周脓肿常有厌氧菌感染，甲硝唑可口服或外用用于肛周脓肿治疗。
10、预防手术感染：可用预防于口腔、消化系统、生殖系统手术过程可能发生厌氧菌感染。
1、甲硝唑的药品不良反应发生率高，大约有15%～30% 病例出现不良反应，以消化道反应最为常见，包括恶心、呕吐、食欲不振、腹部绞痛，一般不影响治疗；神经系统症状有头痛、眩晕，偶有感觉异常、肢体麻木、共济失调、多发性神经炎等，大剂量可致抽搐。少数病例发生荨麻疹、潮红、瘙痒、膀胱炎、排尿困难、口中金属味及白细胞减少等，均属可逆性，停药后自行恢复。
2、有活动性中枢神经系统疾患和血液病者禁用。
3、厌氧菌感染合并肾功能衰竭者，给药间隔时间应由8小时延长至12小时。
4、甲硝唑可抑制酒精代谢，患者服用甲硝唑24h 内或在服用替硝唑72h内应禁酒。
5、服用甲硝唑者，服药后12-24h内避免哺乳，以减少甲硝唑对婴儿的影响；服用替硝唑者，服药后3天内避免哺乳。
6、甲硝唑为浓度依赖性抗菌药物，但因其蛋白结合率低（低于20%），抗菌后效应相对较短，剂量与不良反应的发生率相关，不可一次剂量过大，故仍需每天2次或者每天3次给药，这与其他典型的浓度依赖性药物不同。
硝基咪唑类药物除了甲硝唑外，其他还有替硝唑、奥硝唑、塞克硝唑等。甲硝唑价格相比较便宜，性价比高。替硝唑对脆弱拟杆菌及梭杆菌属作用强于甲硝唑，但对梭状芽孢杆菌属作用弱；替硝唑对血脑屏障的穿透性较甲硝唑还要高，这与替硝唑的脂溶性较高有关。奥硝唑的致畸作用低于甲硝唑与替硝唑，虽然药品说明书注明奥硝唑同其它硝基咪唑类药物相比，对乙醛脱氢酶无抑制作用，但仍有奥硝唑致双硫仑反应的报导。