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阿莫西林属于青霉素类抗生素，有较强的杀菌作用。除了普通青霉素能对抗的革兰氏阳性菌外，它还对抗大肠埃希菌、流感嗜血杆菌等革兰氏阴性杆菌。
因此，阿莫西林的适应症也比较多，常用来治疗以下感染：中耳炎、鼻窦炎、咽炎、扁桃体炎等细菌性上呼吸道感染；急性支气管炎、肺炎等细菌性下呼吸道感染；泌尿、生殖系统感染；皮肤、软组织感染；除此之外，阿莫西林+抗生素（克拉霉素/甲硝唑/四环素）+质子泵抑制剂（奥美拉唑）+铋剂（枸橼酸铋钾），常用来治疗幽门螺杆菌引起的胃肠道溃疡。
1.胃肠道反应
恶心、呕吐、腹泻及假膜性肠炎等。
应对：恶心并且腹泻是阿莫西林的常见副作用。为了防止腹泻，饮食方面宜清淡，可在饭后2小时后服药。
为了治疗阿莫西林引起的腹泻，可服用口服补液盐并保持充足水分。如果已出现脱水或大便含血的症状，应立即就医。
2.过敏反应
皮疹、药物热和哮喘，甚至昏迷，休克等。
应对：轻微的过敏反应包括皮疹、瘙痒、荨麻疹。出现轻微症状时可服用抗组胺药和氢化可的松进行缓解。
此时不需过度担忧，但应时刻注意皮疹或皮肤发红的地方有无继续蔓延，防止病情恶化。如出现脸、嘴唇、舌头肿胀或气短怕风严重过敏反应迹象，立即就医。
3.中枢神经系统症状
偶见兴奋、焦虑、失眠、头晕以及行为异常等。
应对：服用阿莫西林后可能会导致入睡困难、早起、夜里经常醒来等睡眠障碍。情况严重者，应停用药物，并到医院就诊。
4.由念珠菌或耐药菌引起的二重感染
应对：如果出现这类情况，应立即就医。
1.对青霉素过敏的人群不能服用
阿莫西林是一种最常用的半合成青霉素类广谱β-内酰胺类抗生素，对青霉素过敏者要禁用。
2.不能与抑菌药物合用
阿莫西林是在细菌的繁殖期发挥作用，而抑菌药会使其在繁殖期的药理作用受到抑制。两者合用，阿莫西林的杀菌作用会大打折扣。
3.不能与生物制剂同时服用
阿莫西林与生物制剂（妈咪爱、金双歧等）要岔开服用，一般间隔2-3小时，以免影响生物制剂作为活性菌的疗效。
4.不能与丙磺舒同时服用
二者同用可延缓阿莫西林经肾排泄（竞争性的减少阿莫西林的肾小管泌），延长其血清半衰期，因而使本品的血药浓度升高，不良反应发生率增高。
5.不能与甲氨蝶呤合用
阿莫西林与甲氨蝶呤合用时，可使甲氨蝶呤肾廓清率降低，从而增加甲氨蝶呤毒性。
6.不能和避孕药同时服用
与避孕药同服，阿莫西林会对肠胃或者肝脏正常吸收避孕药产生干扰，导致避孕药的效果降低。
7.不能和别嘌呤类尿酸合成抑制剂同时服用
别嘌呤类尿酸合成抑制剂会使患者在服用阿莫西林后增加皮肤不良反应的产生机率，危险性大大增加。
8.不能用温度过高的水送服
在口服时遇到体质敏感者，加上服用方法不当，很可能产生类似青霉素的过敏症状。研究表明，阿莫西林在高温条件下很容易产生致过敏的高聚物，一般60℃可以作为其临界温度值。所以，阿莫西林颗粒最好用温水冲服。
9.不能吃芹菜
吃了芹菜后，阿莫西林会被粗纤维吸收，从而导致其在胃肠道的药物浓度下降，最终无法达到用药目的。除了芹菜，豆芽、茄子、韭菜等绝大多数蔬菜以及海带、紫菜、薯类等，都富含粗纤维，在服用阿莫西林时，最好都别碰。
10.不能饮酒
阿莫西林是属于青霉素类的半合成药物，阿莫西林的药品说明书，并没有强调需要禁酒的注意事项；但据相关文献记载，有酒后服用阿莫西林所出现双硫仑反应的报道。