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考马斯亮蓝（Coomassie Brilliant Blue）是两种三苯甲烷衍生物染料（G-250和R-250）的统称，起初开发用于纺织行业，但现在通常用于分析生物化学中的蛋白质染色。考马斯亮蓝G-250比考马斯亮蓝R-250多两个甲基。其名“考马斯”是帝国化学工业下的一个注册商标。
考马斯亮蓝R-250在1964年被Fazekas de St.Groth的团队最先用来观察蛋白。蛋白样品在醋酸纤维素薄膜上进行电泳分离。薄膜随后被放置于5-磺基水杨酸中，使蛋白质条带固定，然后将膜浸到染料溶液中。
两年之后，1965年Meyer和Lambert用考马斯亮蓝R-250去染经聚丙烯酰胺凝胶分离的蛋白质样品。他们将胶浸在含有甲醇乙酸和水的溶液中。由于染料在染色蛋白质的同时也染了聚丙烯酰胺凝胶，为了使蛋白质条带可见，他们对电泳的凝胶进行了脱色。后续的文献报道聚丙烯酰胺凝胶可以被乙酸溶液成功脱色。
在1967年，首次出现使用考马斯亮蓝G让聚丙烯酰胺凝胶中的蛋白条带变得可见的报道，其中染料被溶解在含有甲醇的乙酸溶液中。之后发现，如果使用溶解在不含甲醇的三氯乙酸考马斯亮蓝G胶体，可以使蛋白质条带被染色，而聚丙烯酰胺不被染色。如果用这种方法，就没有必要再对胶进行脱色。现代的手段通常是将考马斯亮蓝G溶解在含有磷酸、乙醇（或甲醇）和硫酸铵（或硫酸铝）的溶液中。
布拉德福蛋白质定量法利用了考马斯亮蓝G-250的光谱性质去检测溶液中的蛋白质含量。将蛋白质样品加入到染料的磷酸和乙醇的溶液中。在酸性环境中，这种染料通常呈现棕红色，但是结合了蛋白质之后，染料形成蓝色形态。溶液的吸光度在595nm波长处测定。这种染料非常著名，因为它有高灵敏性，即使只有5μg蛋白也足以使染料变色。然而，这种方法有一个缺点是变色程度因蛋白质种类不同而不同：单位量蛋白质带来的吸光度改变取决于蛋白质的类型。
与蛋白质结合后，带负电荷的考马斯亮蓝G-250分子会让蛋白质整体带上负电荷。这个性质可以被用来分离蛋白质或蛋白质复合物，使用非变性条件下的聚丙烯酰胺凝胶电泳——Blue Native PAGE电泳。这样的复合体的迁移能力既取决于蛋白质复合体的分子质量，也取决于结合到蛋白质上的染料量。
考马斯亮蓝染色，也可以用于western印迹分析中的一步。它的作用是先于抗体的染色，使之可以作为对照。
2009年，考马斯亮蓝G在实验中被用来治疗实验室大鼠的脊髓损伤。它通过减少个体肿胀反应而生效，而肿胀反应会导致损伤区域的神经元死于代谢的压力。这个方法在大鼠上测试有效。两组脊髓损伤大鼠中，一组给予考马斯亮蓝G处理，一组没有处理。测试结果证明，相较于没有处理的大鼠，用染料处理的大鼠可以更好的运动，并且在运动测试中取得更高的得分。这种治疗能否用在人类身上的相关测试还在进行中。近期的实验中曾在损伤后15分钟后，施予染料治疗有效。但是在现实生活中，病人需要一定时间才能赶到急救室，所以这种治疗应该即使在受伤后两小时后施放仍然有效。唯一报道的副作用是大鼠会短暂的变蓝。