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荧光素（英语：Fluorescein，又称为荧光黄）是一种合成有机化合物，它是具有光致荧光特性的染料，外观为暗橙色/红色粉末，可溶于乙醇，微溶于水，在蓝光或紫外线照射下，发出绿色荧光。荧光染料种类很多，目前常用于标记抗体的荧光素有以下几种：异硫氰酸荧光素，四乙基罗丹明，四甲基异硫氰酸罗丹明，酶作用后产生荧光的物质。目前荧光素广发应用在免疫荧光、免疫荧光染色实验中。
1、异硫氰酸荧光素，简称“FITC”。是一种小分子荧光素，其效率取决于于溶液的pH值，因此，在使用FITC时应注意溶液的酸碱度。FITC分子量为389.4，最大吸收光波长为490～495nm，最大发射光波长为520～530nm，呈现明亮的黄绿色荧光。
FITC在冷暗干燥处可保存多年，是目前应用最广泛的荧光素。其主要优点是人眼对黄绿色较为敏感，通常切片标本中的绿色荧光少于红色。
2、藻红蛋白，简称“PE”。相对分子质量较大，约为240kD，最大吸收峰为564nm，当使用488nm激光激发时其发射荧光峰值约为576nm，故可能会对其它大探针产生空间位阻。但PE的化学结构非常稳定，有很高的荧光效率，并易与抗体分子结合。需要注意的是PE作为天然染料，因来源不同可能造成荧光素结构上的微小差别，导致其特征的不一致。
3、PI和EB。两者都具有嵌入到双链DNA和RNA的碱基对中并与碱基对结合的特异性。为了获得特异的DNA分布，染色前必须用RNA酶处理细胞，排除双链RNA的干扰。PI和EB不能进入完整的细胞膜，因此，又可以用于检测死活细胞。PI和EB各种理化性质相似，但PI比EB的发射光光谱峰向长波方向移动，因而在做DNA和蛋白质双参数测量时，PI的红色荧光和FITC的绿色荧光更易于区分和测量。另外，PI比EB测得的DNA分布的变异系统（CV值）低，所以PI得到更广泛的应用。
4、其它荧光素
单激光束三色荧光分析时，要求单激光激发，所选择的三种荧光素的发射光波长应该有所不同。除FITC（发射绿光）、PE（发射橙光）外，还应选择发射红光或深红光的藻红蛋白－花青素（phycoerythrin and cyanidinPC5)、叶绿素蛋白（peridinin chorophyll protein，PerCP）或藻红蛋白－德克萨斯红（phycoerythrin and Texas Red tandem，ECD）。因为这些荧光素在受到488nm的蓝光激发后，均发射出红色光或深红色的发射光。
（1）PC5和ECD是由在空间结构上互补的两个荧光素分子通过共价键结合而成，组成一个荧光分子。PC5由PE和cyanidin 5组成，ECD由PE和Texas Red组成。他们前一个分子的发射光波谱与后一个分子的激发光波谱相重合，这样，当前一个分子受激光激发后，产生的发射光可直接激发后一个分子，最后由后一个分子的发射光体现出整个组合的荧光特性。因此，此组成上说是两个分子，但表现为一个分子的物理性质。
（2）PerCP是从一种生活于深海区域的鞭毛虫中发现的色素，其功能为将可渗透入深海的落光传递至鞭毛虫的叶绿素发色基团，进而发出红光。需注意的是PerCP为单个分子。
（3）别藻蓝蛋白（allophycocyanin，APC）和花青素5（cyanidin 5，Cy5）这两种荧光素的激发光波长要求在630nm左右，需第二根激光来激发。