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百菌清是一种高效、低毒、广谱型的杀菌剂农药，由于它对真菌类病害有较好防治效果，被广泛运用于农业生产。
百菌清能与真菌细胞中的3-磷酸甘油醛脱氢酶发生作用，与该酶中含有半胱氨酸的蛋白质相结合，从而破坏该酶活性，使真菌细胞的新陈代谢受破坏而失去生命力。
百菌清的主要作用是防止植物受到真菌的侵害。在植物已受到病菌侵害，病菌进入植物体内后，杀菌作用很小。百菌清没有内吸传导作用，不会从喷药部位及植物的根系被吸收。百菌清在植物表面有良好的黏着性，不易受雨水等冲刷，因此具有较长的药效期，在常规用量下，一般药效期约7～10天。
1.水稻稻瘟病的防治
防治叶瘟时，田间见发病中心开始喷药，隔7天再喷1次。防治穗瘟，在水稻破口期和齐穗期各喷药1次。每次每公顷用75%百菌清可湿性粉剂商品量1500~1900克(有效成分1125~1425克)，加水1050升，搅均匀喷洒。
2.水稻纹枯病的防治
在病害发生初期或在幼穗形成期至孕穗期喷药，隔7天后再喷药1每次每公顷用75%百菌清可湿性粉剂商品量1500~1900克(有效成分1125~1425克)，加水1050升，搅均匀喷洒，重点喷洒水稻茎部。
3.小麦叶锈病和叶斑病的防治
在病害发生初期开始喷药，隔7天喷药1次，连续喷药2~3次，每次每公顷用75%百菌清可湿性粉剂商品量1500~1900克(效成分1125~1425克)，加水1050升，搅均匀喷洒。
4.花生锈病、褐斑病、黑斑病的防治
在病发生初期开始喷药，每隔7~10天喷药1次，连续喷药2~3次。视花生的生长期和病害发展情况再决定是否施药。每次每公顷用75%百菌清可湿性粉剂商品量1500~1800克(有效成分1125~1350克)，或用40%达科宁悬浮剂商品量1500~2250克(有效成分600~900克)，加水900升搅均匀喷洒。
5.黄瓜霜霉病的防治
在病害发生前或初期开始喷药，每隔7天喷药1次。连续喷药3~4次，每次每公顷用75%百菌清可湿性粉剂商品量2200~4000克(有效成分1650~3000克)，或用40%达科宁悬浮剂或40%百菌清浮剂悬浮剂商品量2250~2625克(有效成分900~1050克)，加水1125升，搅均匀喷洒，黄瓜苗小时喷液量酌减。大棚黄瓜霜霉病防治可以用百菌清烟剂防治，在病害发生初期点燃放烟熏蒸防治，每次每公顷大棚用10%百菌清烟剂商品量7500~12000克，或20%百菌清烟剂商品量3750~6000克，或30%百菌清烟剂商品量2500~4000克，或45%百菌清烟剂商品量1667~2667克(有效成分750~1200克)点燃熏蒸。也可用5%百菌清粉剂商品量15000~22500克(有效成分750~1125克)喷粉防治，进一步防治视病情发展情况决定。
6.番茄早疫病的防治
在病害发生初期开始喷药，每隔7~10天喷药1次，连续喷药3~4次，每次每公顷用75%百菌清或大克灵可湿性粉剂商品量2200~4000克(有效成分1650~3000克)，或40%百菌清悬浮剂商品量2250~2625克(有效成分900~1050克)加水1125开，搅均匀喷雾，苗小时喷液量酌减。
7.甘蓝黑斑病和霜霉病的防治
在病害发生初期，气候条件有利于病害发生时开始喷药，每隔7~10天喷药1次，连续喷药2~3次，每次每公顷用75%百菌清可湿性粉剂商品量1700~2300克(有效成分1275~1725克)，加水900升，搅均匀喷洒。
8.菜豆锈病、灰霉病和炭疽病的防治
在病害发生初期开始喷药，每隔7天喷药1次，连续喷药3~4次，每次每公顷75%百菌清可湿性粉剂商品量1700~2300克(有效成分1275~1725克)，加水900升，搅均匀喷洒。
9.马铃薯晚疫病、早疫病和灰霉病的防治
在马铃薯封行前病害开始发生时喷药，每隔7~10天喷药1次，喷药次数视病情发展情况而定，每次每公顷用75%百菌清可湿性粉剂商品量1700~2300克(有效成分1275~1725克)，加水900升搅均匀喷洒。
10.番茄叶霉病、斑叶病和炭疽病的防治
在病害发生初期开始喷药，每隔7天喷药1次，喷药次数视病情发展情况而定，每次每公顷用75%百菌清可湿性粉剂商品量1700~2300克(有效成分1275~1725克)，加水900升，搅均匀喷洒。
11.茄、甜椒炭疽病和早疫病的防治
在病害发生初期开始喷药，每隔7天喷药1次，连续喷药3~4次，每次每公顷用75%百菌清可湿性粉剂商品量1700~2300克(有效成分1275~1725克)，加水900升，搅均匀喷洒。
12.瓜类霜霉病和白粉病的防治
在病害发生初期开始喷药，每隔7天喷药1次，直到病害停止发展时为止，每次每公顷用75%百菌清可湿性粉剂商品量1600~2200克(有效成分1200~1650克)加水900升，搅均匀喷洒。
13.葡萄白粉病和黑痘病的防治
在叶片发病初期或开花后两周开始喷药，一般每隔7~10天喷药1次，喷药次数视病情而定，每次喷洒浓度为75%百菌清可湿性粉剂600~700倍喷洒。
14.梨树锈病的防治
在梨树开花前(3月下旬)和花后(4月中旬)各喷药1次，必要时第二次喷药后两周再喷药1次，每次可用75%百菌清可湿性粉剂500倍喷洒。
15.苹果炭疽病的防治
在6月上旬开始喷第一次药，每隔15天喷药1次，连续喷药4~5次，每次用75%百菌清可湿性粉剂500倍喷洒。
16.柑橘疮痂病和沙皮病的防治
在柑橘花瓣脱落时开始喷药，每隔10~14天喷药1次，连续喷药2~3次，每次用75%百菌清可湿性粉剂800~1000倍喷洒。
17.茶叶炭疽病的防治
在夏、秋茶萌芽期或病害发生初期开始喷药，每隔7~10天喷药1次，连续喷药2~3次，每次用75%百菌清可湿性粉剂600~800倍药液喷洒。