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3,5-二氯哒嗪可作为医药反应中间体，如可用于制备化合物3-氯-5-氨基哒嗪（或4-氨基-6-氯哒嗪，CAS号：29049-45-4），上述化合物是常用的化学合成中间体，近年来广泛地用于医药和农药的研发，如用于抗癌药物（US2004/54186）和植物生长调节剂（US1988/4728355）等。
3,5-二氯哒嗪制备如下：
1）三氯乙醛和乙酸铵依次加入到甲苯中，加热至回流，开始滴加氯乙醛并用分水器分出水分，滴加完毕后回流搅拌3小时，加入对甲苯磺酸，继续回流4小时，停止反应。反应液冷至室温，蒸干溶剂，加入二氯甲烷稀释后过滤，减压浓缩，在12毫米汞柱下收集90~100℃馏分，得到2，4，4，4-四氯巴豆醛为黄色油状液体。
2）2，4，4，4-四氯巴豆醛溶于溶剂中，控制温度下，向其中滴加盐酸氨基脲与水和溶剂的混合液，搅拌反应5小时，反应液减压浓缩，除去溶剂，加入一定量水，降温至5℃，析出固体，过滤后用二氯甲烷石油醚重结晶，得3，5-二氯哒嗪白色固体。
3,5-二氯哒嗪可用于制备化合物3-氯-5-氨基哒嗪：将3，5-二氯哒嗪溶于1，4-二氧六环中，加入浓度为25%的浓氨水，并置于不锈钢反应釜，密闭后升温反应。反应液降至室温抽滤，滤液用乙酸乙酯（1000毫升×3）萃取，有机相干燥浓缩，得到灰色固体粗品，用乙醇重结晶，得到类白色固体3-氯-5-氨基哒嗪。
[1] CN201210334540.4 用作医药和农药中间体的3-氯-5-氨基哒嗪的合成方法