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甲氨基乙醛缩二甲醇可用作医药合成中间体，如制备甲巯咪唑，化学名为1-甲基咪唑-2-硫醇，为抗甲状腺药物，其作用机制是抑制甲状腺内过氧化物酶，从而阻碍吸聚到甲状腺内碘化物的氧化及络氨酸的偶联，阻碍甲状腺素(T4)和三碘甲状腺原氨酸(T3)的合成。动物实验观察到B淋巴细胞合成抗体，降低血循环中甲状腺刺激性抗体的水平，使抑制性T细胞恢复正常。
甲氨基乙醛缩二甲醇制备如下：
高压釜中加入氯代乙醛缩二甲醇3.00kg、33％的甲胺甲醇溶液30kg，关闭高压釜阀门，加热升温至130-135℃，压力最高1.2MPa，然后持续降低，保温反应6小时，降温至25℃，压至中和罐。搅拌下降温到10℃以下，滴加40％甲醇钠甲醇溶液3.26kg，0-5℃保温2-3小时。过滤，滤饼用甲醇洗涤，滤液转移至蒸馏罐。常压蒸馏甲醇，至不再蒸出，改为减压蒸馏，开启盐水冷凝收集中间体，收集52-60℃/24mmHg馏分，得到2.51kg甲胺基乙醛缩二甲醇，GC检测纯度为94.6％，收率83.1％。
将1.44kg硫氰酸钠和8.9kg纯化水投入到环合反应釜中，室温搅拌下溶解，加入1.60kg甲氨基乙醛缩二甲醇，搅拌下室温滴加盐酸(浓度36％-40％)1.44kg，控制温度在30℃以下，约一小时滴加完毕，ph值为1-2，于50-60℃反应13小时，降至室温静置8小时。减压蒸馏去除水，加入5L乙酸乙酯和500g无水硫酸钠，回流30分钟，热过滤。将滤液加热蒸馏，约剩余三分之一的乙酸乙酯，冷却至0℃，0-5℃保温2-3小时，过滤，冷乙酸乙酯洗涤，真空烘干得到甲巯咪唑0.86kg，产率为59.3％。GC测定，产品纯度99.5％。
[1] CN201710376949.5一种甲巯咪唑的制备方法