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他克莫司为一种强力的新型免疫抑制剂，主要通过抑制白介素-2（L-2）的释放，全面抑制T淋巴细胞的作用，主要用于预防肝脏或肾脏移植术后的移植物排斥反应，在治疗特应性皮炎（AD）、系统性红斑狼疮（SLE）、自身免疫性眼病等自身免疫性疾病中也发挥着积极的作用。
由于患者大部分存在有严重的基础性疾病，且经常是并用多种药物，使得与免疫抑制剂相关的不良反应较难确定。有证据表明下述的多种不良反应均为可逆性，通常剂量降低后可获得改善。与静脉给药相比，口服给药的不良反应发生率较低。多数患者似乎在术后第一周出现较多的不良反应，可能与高剂量静脉用药有关。
如同其他免疫抑制剂，使用他克莫司的患者对病毒、细菌、真菌和（或）原虫感染的可能性会增加。已有的感染性疾病可能还会加重。既有全身感染，也有局部感染，如脓肿、肺炎。如果他克莫司与其他免疫抑制剂一起使用，会增加过度免疫抑制的危险性。
对患者用他克莫司和环孢素作为基础免疫抑制治疗进行比较，发现接受他克莫司治疗的患者巨细胞病毒（CMV）感染发病率降低。
个例报道有：溶血性尿毒症（HUS）、肾小管坏死。在整个治疗期间都会出现肾脏不良反应，因此对肾移植患者，应注意与排斥反应的症状区分。频发：震颤、头痛、感觉异常和失眠（大多数为中等程度，不影响日常活动）。其他症状包括：不安、焦虑和情绪不稳、混乱、抑郁和陶醉感、多梦及思维异常、嗜睡、眩晕和反应降低、偏头痛、惊厥、肌阵挛和神经病。上述症状可单独出现或同时出现。
个例报道有：脑梗塞、昏迷、脑病、幻觉、狂躁反应、脑膜炎、麻痹、精神病和言语障碍。上述症状可单独出现或同时出现。上述症状与他克莫司治疗的因果关系不清楚。有资料显示移植患者，尤其伴肝功能损害者，即使既往曾接受免疫抑制药物治疗，出现重度神经症状的危险性相对较高。并用具有潜在的神经毒副作用的药物和中枢神经感染也可能导致这些症状。
有报道出现肥厚性心肌病，大多数患者在血药浓度超过25ng/ml时出现。剂量减少或停药后可以恢复。大多数患者为5岁以下的儿童。增加这种危险性的因素有：已经存在的心脏疾病、高血压、体液过多、使用激素、和肝脏和/或肾脏功能不全。建议用心动描记图检测心血管功能，如果出现异常，应考虑减少剂量或停用他克莫司。
有报道出现ECG改变、心动过速、外周浮肿、血管扩张包括休克。个例报道有：心脏扩大症、血栓（见多种脏器）、心搏骤停、心力衰竭、心肌梗死、水肿（见多种脏器）、多种心律失常、昏厥和血管炎（见多种脏器）。
贫血、淋巴增生、高血糖、偶发性糖尿病、碱中毒、酮症、胃肠疾病、肺炎、呼吸性疾病、视觉异常、脱发、出汗、皮肤肿瘤、关节痛、痉挛、局部疼痛、发热、过敏等。