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2-氯-6-氟氯苄可用于制备2‑氯‑6‑氟苯甲醛。2‑氯‑6‑氟苯甲醛是一种重要的有机合成中间体，在医药行业中，2‑氯‑6‑氟苯甲醛主要用于生产抗菌性能良好的氟氯青霉素，是双氯青霉素的换代产品，具有更好的疗效；在农药行业，2‑氯‑6‑氟苯甲醛主要用于高效低毒杀菌剂的生产，被称为拟生物农药中间体。
向装有回流冷凝管、尾气吸收装置和温度计的500ml四口玻璃反应瓶中加入250g2‑氯‑6‑氟甲苯和0.5ml三氯化磷(在此步骤中加入三氯化磷可以提高产品品质)，在金属卤化灯照射下保持180℃条件下通入氯气得到2-氯-6-氟氯苄。用气相色谱检测反应瓶液相中2‑氯‑6‑氟氯苄的含量，当检测到2‑氯‑6‑氟氯苄的含量小于0.5％时，停止通氯气，同时向反应瓶中通入氮气，除去瓶中未反应的氯气。
2-氯-6-氟氯苄用于制备2‑氯‑6‑氟苯甲醛的方法如下：
向2-氯-6-氟氯苄反应瓶液相中加入0.5g铁系固体超强酸SO42‑/Fe3O4，在180℃条件下将37.5g水在2小时内缓慢匀速滴入反应瓶，并保温4小时，气相色谱检测2‑氯‑6‑氟二氯苄、2‑氯‑6‑氟三氯苄转化完全，在95℃条件下缓慢加入碳酸钠水溶液调节混合液的pH值为8，搅拌30分钟，待液相分层后将水相和有机相分离。将有机相进行减压蒸馏，得到2‑氯‑6‑氟苯甲醛182g，气相色谱检测含量为99.7％，收率为95％。
球虫病是一种原虫类的寄生虫疾病，它主要寄生虫与动物的体内，特别是家禽(鸡)非常普遍，对动物的机体造成较大的损害。鸡球虫病是由艾美耳属一种或多种球虫寄生于鸡的肠上皮细胞内所引起的寄生性原虫病。在世界各地普遍发生。发病率可达80～100％，死亡率20～30％，严重时高达80％，全世界因鸡球虫病所造成的损失每年约20亿英镑。在养鸡生产中，几乎所有雏鸡饲料中都必须加入抗球虫药物，我国每年投入预防本病的药物费用平均每羽鸡0.3～0.5元，每年用于防治鸡球虫病的药费达数亿元人民币，占鸡病全部防治费用的近1/3。尽管化学药物防治对于控制鸡球虫病的爆发和流行起了十分重要的作用，但迄今为止，鸡球虫病仍是造成养鸡业巨大经济损失的主要疾病之一。长期用药的结果是使球虫产生了耐药性，球虫耐药性的产生一直困扰着养殖户和兽医工作者，有些鸡群虽然使用抗球虫药，仍然面临球虫病的发生乃至暴发的威胁。
氟腺嘌呤是上个世纪有美国Merck公司开发的抗球虫药物，其主要结构与其他抗球虫药物不同，与其他抗球虫药无交叉耐药性。经研究证实，氟腺嘌呤具有广谱抗球虫活性，对鸡的多种艾美耳球虫，如柔嫩艾美耳球虫、脆弱艾美耳球虫、毒害艾美耳球虫、巨型艾美耳球虫、堆型艾美耳球虫、布氏艾美耳球虫均有较强的抑制和杀灭作用，发挥了良好的防治效果，是一种高效、广谱的抗球虫药。
2-氯-6-氟氯苄制备氟腺嘌呤的方法如下：
先在反应釜中加入适量的水，再加入一定比例的氢氧化钠搅拌10分钟后，加入腺嘌呤，搅拌溶解15分钟后，用冷却水降至室温，保持10分钟。然后先后添加的正己烷、2-氯-6氟氯苄。加入催化剂，升温回流8-9小时；用冷却水降温降到常温过滤甩干，最后称重进烘房，烘8-12小时后降温，得氟腺嘌呤粗品。
氟腺嘌呤纯制方法比较多，以下是通过重结晶工艺制得氟腺嘌呤精品的方法：取适量冰醋酸加热到50-80℃，加入氟腺嘌呤粗品，搅拌升温到90℃，保持2-4小时。在第二反应釜中，加入水，加热到70-90℃，搅拌下把第一反应釜中的热的氟腺嘌呤冰醋酸溶液慢慢加入到第二反应釜中，形成过饱和溶液，然后用冷却水降到室温，固体析出，先对该固体进行抽滤，然后用离心机进行固液分离，再对离心所得的固体物水洗两次去除杂质，最后在75-90℃下烘干得氟腺嘌呤精品。
[1][中国发明,中国发明授权]CN201210073142.1一种2-氯-6-氟苯甲醛的制备方法
[2][中国发明]CN201410221978.0一种抗球虫药物氟腺嘌呤的合成方法